- Mërgimtarët kubanë
Në vitin 1961, administrata Kennedy miratoi pushtimin e Gjirit të Derrave – një përpjekje e fshehtë për të rrëzuar regjimin problematik të Fidel Kastros në Kubë. Të mbështetur nga CIA, një brigadë mërgimtarësh kreu sulmin. Por ishte dështim. Një pjesë e madhe e tyre u burgosën ose u vranë.
Kennedy u fajësua personalisht, sepse kishte refuzuar të ofronte mbështetje ajrore gjatë pushtimit. Sipas kësaj teorie, një kontigjent kubanezësh anti-Kastro, që kërkonin hakmarrje për fiaskon e Gjirit të Derrave, orkestruan vrasjen e Kennedy, ndoshta në bashkëpunim me agjentë të pakënaqur të CIA-s.
- CIA
Kjo teori mbështetet tek tensioni që u krijua midis presidentit dhe agjencisë së inteligjencës pas katastrofës së Gjirit të Derrave. Kennedy dyshohet se u zemërua e madje u zotua “të bënte CIA-n pluhur e hi”. Ai shkarkoi gjithashtu shefin e CIA-s, Allen Dulles, që kishte shërbyer për një kohë të gjatë, duke bërë që disa të dyshonin se Dulles ishte organizatori pas komplotit të vrasjes. Një tjetër emër i CIA-s E. Howard Hunt, ka qenë prej kohësh i dyshuar se ishte një nga snajperët që qëlluan Kenedin. Familjarët e tij madje kanë pohuar se Hunt u rrëfye “në shtratin e vdekjes”.
- Mafia
Lee Harvey Oswald, u qëllua për vdekje, drejtpërdrejt në televizion, ditë pas atentatit. Vrasësi i tij ishte pronari i një klubi nate në Dallas, Jack Ruby. Shumë besojnë se Ruby ishte një vrasës mafioz, i cili kishte vrarë Oswald për të mos e lejuar të tregonte për përfshirjen e mafias në vrasje. Pse mafia e donte të vdekur? Disa thonë për shkak të dështimeve të tij për rrëzimin e Kastros. Të tjerë thonë se shkak ishin veprimet e Bob Kennedy, vëllai i presidentit, kryeprokuror. Ky i fundit kishte nisur një fushatë kundër mafias. Sam Giancana, bosi i mafias së Çikagos, që kish dhënë një dorë për zgjedhjen e Kennedy në vitin 1960, ishte ndjerë i tradhëtuar.
- Presidenti Lyndon Johnson
Një nga të dyshuarit më të çuditshëm është Lyndon Johnson, zëvendëspresidenti i Kenedit, i cili u betua si Komandanti i Përgjithshëm atë ditë në Dallas. Johnson ishte padyshim një nga politikanët më të pamëshirshëm të kohës së tij. Kjo, së bashku me thashethemet se Kennedy ishte gati ta hiqte Johnson-in nga kandidatura në zgjedhjet e 1964, ka bërë që disa teoricienë të besojnë se Teksani i etur për pushtet orkestroi vrasjen.
- Clay Shaw dhe komplotistët e New Orleansit
Filmi JFK i Oliver Stone i vitit 1991 popullarizoi një teori konspiracioni: një grup aktivistësh të krahut të djathtë, anti-Kastro, të lidhur me CIA-n, të motivuar nga besimi i tyre se Kennedy ishte i butë ndaj komunizmit, komplotuan për të vrarë presidentin. Kreu i tyre ishte një biznesmen dhe autor shumë i dashur nga New Orleans, Claw Shaw. Në vitin 1969, Shaw u bë i vetmi person që i arrestuar dhe akuzuar ndonjëherë në lidhje me vrasjen e JFK. Por gjykatës iu desh më pak se një orë për ta shpallur Shaw të pafajshëm.